ORF8 la secuencia desconocida del coronavirus que entraña un secreto
En pocos meses de pandemia de COVID-19 hemos aprendido muchísimo de un virus que era completamente desconocido para la humanidad con anterioridad. Nos referimos al SARS-CoV-2, el virus causante de la pandemia. Si bien es verdad que los estudios genómicos lo relacionan con otros coronavirus de murciélago o con los causantes del SARS, la verdad es que tiene características únicas. Las causas moleculares detrás de el gran éxito que está teniendo el virus ara infectar al ser humano permanecen todavía inciertas. Una de ellas y que parece ser clave en el desarrollo de la enfermedad la encontramos en el ORF8. Los marcos abiertos de lectura “open reading frame” en inglés son las secuencias del material genético, en este caso ARN, que son potencialmente traducibles a aminoácidos. Se caracterizan por tener una metionina, el primer aminoácido siempre dela transcripción. Además, otras secuencias adyacentes que recluten a la polimerasa han de ser encontradas para determinar la eficiencia del ORF para transcribirse.
ORF8 permite la transcripción de un péptido de 121 aminoácidos y es muy diferente entre el SARS-CoV2 y el SARS, aunque tan solo una pequeña parte de su secuencia se ha secuenciado (alrededor de un 20%) esto ha demostrado ser significativamente diferente entre ambas especies. Este marco de lectura parece generar una cadena de péptidos accesoria con capacidad para interaccionar con el resultado del ORF7 de formas no observadas en el SARS-CoV. ORF8 no codifica para una proteína esencial del virus, pero una deleción de 29 nucleótidos en SARS-CoV1 dio lugar a una cepa más leve, así como una deleción en el ORF8 de SARS-CoV2 durante los primeros estadios de la pandemia de 382 nucleótidos tuvo resultados similares.
Como proteína se le ha predicho un plegamiento similar al de una inmunoglobulina y tendría una región de interacción con el retículo endoplasmático, entre otros posibles interactores. En pacientes que han superado el COVId-19 se han encontrado anticuerpos antiORF8, por lo que se cree que esta proteína viajaría del RE hasta el exterior celular. De hecho, la presencia de estos anticuerpos es una de los marcadores más utilizados para los test de antigenos de COVID-19. No existen estudios de la estructura tridimensional de ningún ORF8 de otros coronavirus, y los del SARS-CoV2 están empezando a dar sus frutos, las predicciones parecen indicar una posible formación de dímeros, pero no se conoce ninguna proteína similar a ella. El hecho de que no existen proteínas similares tiene su lado bueno, puesto que entonces es más probable que sean detectadas como intrusas por el sistema inmune y su lado malo, puesto que no se tiene ninguna pista fiable de lo que hace. Lo más similar que encontramos de hecho está en el propio virus, puesto que es su ORF7, aunque este es mucho más pequeño que el 8 y las semejanzas son muy vagas.
En el laboratorio se ha conseguido replicar artificialmente en bacteria la proteína codificada en ORF8, ahora se están llevando a cabo estudios para determinar cuales de todos los posibles interactores que se han descrito in silico se encuentran in vivo.