Mutaciones de polimorfismo de nucleótido simple (SNP)
Cuando hablamos en genética de los SNP (single nucleotid polimorfism en inglés) nos referimos a un tipo de mutación concreta. En ella una única base nitrogenada esta cambiada, añadida o eliminada de una secuencia. Para saber más sobre mutaciones puedes leer el artículo “tipos de mutaciones”, «origen de mutaciones puntuales» y los que están enlazados desde esos.
Hay que recordar que la secuencia de nuestro genoma tiene 30 millones de bases y tanto en el proceso de replicación como en el de transcripción se introducen bases erróneas (un error por cada millón de bases más o menos). Por lo que existen muchas variaciones entre el genotipo de dos gemelos idénticos simplemente por los errores puntuales que se van introduciendo en el proceso normal. Por eso y según los cánones actuales un SNP debe estar presente como mínimo en el 1% de la población para considerarse un SNP, de no ser así estamos simplemente ante una mutación puntal individual y solo el tiempo dirá si se “queda” en el genoma de los descendientes hasta llegar al 1% y convertirse en un SNP “exitoso”. Se cree que tenemos un SNP por cada 1300pb (pares de bases), heredados de nuestros padres.
Estos cambios en una sola base pueden ser silenciosos o sinónimos si el cambio de base no interfiere con la función de la proteína que codifica (lo más normal), o no sinónimos si la mutación supone una variación de aminoácido cuando se traduzca.
Ahora que tenemos una tecnología capaz de detectar la variación de una única base de una secuencia: Polimorfismo en la longitud de fragmentos de restricción (SNP-RFLP) hemos empezado a ver que existe una asociación entre SNPs y genes determinados o mutaciones que producen alguna alteración beneficiosa o deletérea. Por ejemplo, en las vacas lecheras están descritos algunos SNP asociados a una mayor producción de leche. Esto no quiere decir que estas bases tengas que ver con la producción de leche, sino que se encuentran dentro o muy cerca del gen que sí la controla.
Los SNPs se usan tanto para pruebas de paternidad, puesto que se heredan, como para hacer estudios de enfermedades y asociación genética. Estos estudios de ligamiento se basan en la distancia entre un SNP, que se usa como marcador y una determinada enfermedad. Para eso se toman SNP del genoma y se observa si existe alguna correlación estadística entre llevar un SNP y padecer una enfermedad, cuanto más cerca el SNP del gen causante de la enfermedad mayor será su heredabilidad conjunta. Nunca existe una correlación 100% SNP – enfermedad, puede haber sucedido una recombinación o más entre el SNP y el gen afectado, por eso estos estudios de asociación son solo una primera aproximación para diagnosticar enfermedades.
El proyecto Internacional HapMap nos ayuda a relacionar SNPs con enfermedades o con la probabilidad de tenerlas.
El problema de este 1% de la población que tiene que llevar una mutación para que sea un SNP, es que no se tienen secuenciados tantos genomas como para haber encontrado de forma representativa todos los SNP si bien ya se conocen algunos asociados a las razas humanas, enfermedades y sobre todo a animales o razas de animales. Es por esta falta de datos para trabajar (entre otros motivos) por lo que se creó el proyecto 1.000 genomas o el proyecto HapMap que intentaban conseguir una base de datos suficientemente grande para poder hablar con propiedad de SNP. En la actualidad ya existen bases de datos de SNP como la del NCBI dbSNP o HGMD que está relacionada solo con SNP asociados a enfermedades.