Caja TATA
Se conoce por el nombre de caja TATA a la secuencia consenso que se encuentra en el promotor, delante, de algunos genes.
Estructura: La caja TATA o TATA box o goldberg-Hogness en inglés es una secuencia presente tanto en arqueas como en eucariotas. Está presente en alrededor del 25- 30% de los genes, en el ser humano se considera presente en el 24% de los genes de su genoma.
La secuencia de nucleótidos de la caja TATA es exactamente esa 5’-TATA-3’. Tras esta secuencia se encuentran varias adeninas más, en número normalmente mayor de 3. La caja TATA se localiza antes del gen (upstream), alrededor de 25 a 30 bases y un máximo de 35 bases antes del inicio transcripcional del gen. Este motivo “TATAAAA” parece muy conservado evolutivamente por lo que se considera que apareció en un organismo ancestral.
El homónimo de la caja TATA en bacterias es la caja Pribnow, con una función similar y una secuencia también parecida. La secuencia conservada de la caja Pribnow es 5’ TATAAT 3’, siendo las dos primeras bases y la última las más conservadas. Una diferencia con la caja TATA es su posición, tan solo a 10 bases del inicio de transcripción.
Función: tanto la caja TATA como la caja de Pribnow cumplen con la misma función. Son el sitio de unión de proteínas implicadas en la transcripción del ADN en ARN. Lo más frecuente es que se una la proteína de unión a TATA (TBP, TATA binding protein en inglés) una proteína que es capaz de desenrollar la doble hebra de ADN. Esta apertura está facilitada por la propia secuencia de la caja TATA, puesto que los enlaces A-T requieren menos energía para romperse que los G-C. Una vez TBP ha desenrollado la hebra de ADN recluta a la ARN polimerasa II para que inicie la transcripción situada correctamente sobre la hebra de ADN.
En otras ocasiones la propia ARN polimerasa se une a la hebra de ADN en la caja TATA para empezar la transcripción. En estos casos el factor de transcripción TFIID, otra proteína implicada en la transcripción se une a la caja TATA. Esto desencadena un proceso de unión al ADN por parte de muchas otras proteínas implicadas en la transcripción (factores de transcripción). La polimerasa reconoce el complejo que se forma, se une a él y empieza la transcripción desde ese punto. Algunos de los factores de transcripción se quedan unidos a la caja TATA de tal manera que facilitan la unión de otra ARN polimerasa II.
Las histonas parece ser que también se unen a las cajas TATA con bastante facilidad. De hecho se establece una competición entre los factores de transcripción y las histonas por la unión de las cajas TATA y del desequilibrio de la competición resulta la transcripción o el silenciamiento de esos genes.
La unión de TFIID va atrayendo a otros TF hasta que «colocan» a la ARN polimerasa I en su lugar.
Como ya se ha comentado solo un tercio de los genes, como mucho, tiene caja TATA, el resto de genes tienen otro tipo de secuencia o secuencias para llamar a la ARN polimerasa. Normalmente los genes tienen más de una secuencia reguladora (enhancer) que puede ser la caja TATA u otro motivo iniciador que puede estar dentro o fuera del gen.